Vaikka Linux ja vastaavat Unixin kaltaiset järjestelmät ovatkin erittäin vakaita, ei se tarkoita automaattisesti sitä, että kaikki niissä käytetyt ohjelmat olisivat yhtä vakaita. Toisinaan ohjelma kaatuu, eikä suostu enää käynnistymään. Joskus esimerkiksi päivityksen jälkeen ohjelma ei enää suostu toimimaan. Windows-käyttäjille tuttu yleisavain eli tietokoneen uudelleenkäynnistys ei Linux-puolella yleensä toimi. Onneksi Linuxin uudelleenkäynnistäminen on lähes tilanteessa kuin tilanteessa tarpeetonta, kunhan tietää muutaman perusniksin.
Ohjelmat tallentavat usein väliaikaistiedostoja /tmp -hakemistoon. Jos /tmp -hakemistossa ei ole tilaa, sitä käyttävät ohjelmat eivät toimi oikein, kaatuvat tai eivät käynnisty. Asian voi tarkistaa esimerkiksi komennolla df -m
Joskus ohjelman kaatuessa se ei kuolekaan, vaikka siltä ensisilmäyksellä vaikuttaisikin. Jos ohjelma ei kaaduttuaan ota enää käynnistyäkseen, kannattaa tarkistaa onko se jäänyt taustalle kummittelemaan. Asian voi tarkistaa esimerkiksi komennolla ps aux|grep ohjelman_nimi, siis esim. ps aux|grep firefox. Katso lisätietoja kohdasta "Prosessien ja töiden hallinta".
Ohjelmat antavat usein virheilmoituksia, jotka näkyvät vain komentoriviltä käynnistettäessä. Toisinaan virheilmoitukset ovat melko selkeitä, toisinaan on parempi kopioida (englanninkielinen) virheilmoitus hakukoneeseen, esimerkiksi Googlen Linux-hakuun. Jos virheilmoitus on suomeksi, kannattaa ensin vaihtaa kieli englanniksi ja hakea vasta sen jälkeen vastausta hakukoneella. Ohjelman voi käynnistää väliaikaisesti toisenkielisenä esimerkiksi seuraavanlaisella komennolla "export LC_ALL=C;ohjelman_nimi. Muuttujan LC_ALL tilalle voi tarjota myös muuttujaa LANG. Muuttujan arvo C tarkoittaa POSIX:n oletusta (englanti ilman mitään hienouksia).
Aina silloin tällöin käy niin, että ohjelman päivityksen yhteydessä sen asetustiedostojen rakenne muuttuu oleellisesti. Järjestelmän pakettienhallintasovellus osaa yleensä päivittää järjestelmän asetustiedostot uusiin versioihin. Ongelma syntyy siitä, ettei pakettienhallinta koske laisinkaan käyttäjien henkilökohtaisiin asetustiedostoihin.
Henkilökohtaiset asetustiedostot säilytetään tavallisesti kotihakemiston piilotiedostoissa (esim. .gentoorc) tai piilohakemistoissa (esim. .mozilla-thunderbird). Kokeile ensin nimetä toimimattoman ohjelman asetustiedosto tai hakemisto uudelleen esim. komennolla mv .mozilla-thunderbird .mozilla-thunderbird.old ja käynnistä sitten ohjelma uudelleen. Jos ohjelma käynnistyy, vika on löytynyt. Ohjelman perusasetuksiin tehdyt muutokset pitää tietenkin tehdä uudelleen.
Jotkin sovellukset (esim. OpenOffice) käyttävät ns. lukitustiedostoja (engl. lock file) estääkseen käyttäjää käynnistämästä niitä useaan kertaan. Joskus ohjelman kaatuessa lukkotiedosto jää poistamatta, eikä ohjelma enää suostu käynnistymään.
Useimmiten lukitustiedosto löytyy ohjelman asetushakemistosta. OpenOfficen tapauksessa asetushakemisto on luultavasti nimeltään .openoffice.org2. Lukkotiedoston tunnistaa yleensä siitä, että sen nimessä on sana "lock". Sen voi useimmiten poistaa huoletta. Jos on kovin epäileväinen, voi lukkotiedoston nimetä uudelleen ja poistaa vasta myöhemmin.
Työpöytäympäristöt ovat monella tapaa varsin käytännöllisiä. Ne helpottavat päivittäistä käyttöä ja ovat graafisena työympäristönä mukavampia kuin pelkkä ikkunointimanageri. Niiden sulava toiminta on kuitenkin riippuvainen lukuisien työpöytäympäristöön kuuluvien ohjelmien yhteistoiminnasta. Työpöytäympäristöt rupeavatkin toisinaan käyttäytymään oudosti, kun yleensä yksi sen toiminnasta vastaava osa lähtee karkuteille. Mitä vanhempia ja vakaampia ohjelmia Linux-jakelussa käytetään, sitä luotettavammin toimii myös sen työpöytäympäristö. Jos ei haluta tai voida lähteä Windowsin kaltaiseen uudelleenkäynnistysrumbaan, voi ongelmat korjata muutamalla perusniksillä.
Usein pelkkä uloskirjautuminen ja kirjautuminen takaisin sisään korjaa työpöytäympäristön omituisuudet. Näin työpöytäympäristöön kuuluvat ohjelmat käynnistetään uudelleen, jolloin päästään taas jatkamaan töitä puhtaalta pöydältä.
Jos työpöytäympäristö ei reagoi mihinkään komentoihin, on usein syytä tappaa koko X-ikkunointijärjestelmä. Yleensä tämä onnistuu näppäinyhdistelmällä Ctrl-Alt-Backspace. Vaihtoehtoisesti voidaan kirjautua virtuaalikonsoliin (yleensä Alt-F1 - Alt-F6) pääkäyttäjänä ja käynnistää näyttömanager (engl. "display manager") uudelleen. Useimmissa jakeluissa tämä tapahtuu komennolla "/etc/init.d/gdm restart". Jos jakelussa ei käytetä gdm-näyttömanageria, kannattaa kokeilla korvata gdm joko kdm:llä tai xdm:llä. Jakelu voi käyttää tämän tehtävän suorittamiseen myös toisenlaista mekanismia, kuten Gentoo Linux, jossa vastaavat komennot ovat gdm-stop ja gdm.
X:n tai näyttömanagerin tappaminen johtaa kuitenkin usein siihen, että sisäänkirjautuneiden käyttäjien ohjelmat jäävät taustalle pyörimään, eikä työpöytäympäristö suostu toimimaan enää oikein käyttäjän kirjautuessa sisään. Ongelman voi kuitenkin korjata kirjaamalla ko. käyttäjän ulos, kirjautumalla virtuaaliterminaaliin pääkäyttäjänä ja tappamalla kaikki ko. käyttäjän omistamat prosessit yksi kerrallaan. Katso lisätietoja kohdista "Prosessien ja töiden hallinta" ja "Tekstisuotimet". Kun ko. käyttäjän omistamat prosessit on tapettu, pitäisi työpöytäympäristöön kirjautumisen jälleen onnistua ja ohjelmien toimia kuten pitääkin.
Jos jotain on mennyt todella pieleen, on usein helpointa käynnistää tietokone uudelleen. On kuitenkin syytä muistaa, että lähes aina uudelleenkäynnistykselle on vaihtoehto. Aloittelijalle se voi kuitenkin olla yksinkertaisin ratkaisu.
Aina silloin tällöin törmää tilanteeseen, jossa tietokoneen toiminta muuttuu äärettömän hitaaksi, hiiren osoitin reagoi jopa usean sekunnin viiveellä ja käyttöjärjestelmästä tulee käyttökelvoton. Lähes poikkeuksetta tällöin on kyseessä karkuteille lähtenyt ohjelma, joka imee järjestelmältä kaiken suoritintehon. Onneksi tällaiset ongelmat on varsin yksinkertaista korjata. Avaa ensin terminaali ja kirjaudu sisään pääkäyttäjänä. Anna sitten komento top ja odota. Katso, mikä ohjelma on ylimmäisenä eli vie suorittimelta kaikki sen tehot, ja pistä muistiin sen prosessinumero (PID). Avaa toinen terminaali, ja anna komento "kill -9 PID", jossa PID on tietenkin nyrjähtäneen prosessin numero. Hetken kuluttua tilanteen pitäisi normalisoitua. Nyrjähtäneen prosessin voi sitten haluttaessa käynnistää uudelleen, ja toivoa, että seuraavalla kerralla on parempi onni.
Jos halutaan välttyä tällaisilta täydellisiltä järjestelmän jämähtämisiltä, voidaan muokata tiedoston /etc/security/limits.conf asetuksia - lisätietoja saa komennolla man limits.conf. Sen avulla on mahdollista säätää mm. miten paljon suoritintehoa yksittäinen prosessi voi kuluttaa.