{"id":810,"date":"2021-10-17T22:23:57","date_gmt":"2021-10-17T19:23:57","guid":{"rendered":"https:\/\/users.utu.fi\/taesho\/?page_id=810"},"modified":"2022-06-28T20:38:45","modified_gmt":"2022-06-28T17:38:45","slug":"aineistot-ja-koodit","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/users.utu.fi\/taesho\/tutkimus\/aineistot-ja-koodit\/","title":{"rendered":"Aineistot ja koodit"},"content":{"rendered":"<p>Viet\u00e4n vuosia ker\u00e4ten aineistoja, joten n\u00e4en mielell\u00e4\u00e4n ett\u00e4 ne tulevat k\u00e4ytt\u00f6\u00f6n. T\u00e4ss\u00e4 yhteenveto tietokonemuodossa olevista tutkimusaineistoistani, ja siit\u00e4 miten ne saa k\u00e4siins\u00e4. Fyysisist\u00e4 aineistosta, kuten Ugandan hy\u00f6nteisist\u00e4, enemm\u00e4n omalla sivullaan. Suuri osa aineistosta liittyy Ugandan hy\u00f6nteisiin.<\/p>\n<p>Mukana my\u00f6s jonkin verran R- ja Python-koodia. Enimm\u00e4kseen niist\u00e4 ei liene hy\u00f6ty\u00e4 muille, mutta <a href=\"https:\/\/laji.fi\/\">Suomen Lajitietokeskuksen<\/a> k\u00e4ytt\u00e4jille saattaa l\u00f6yty\u00e4 jotain hy\u00f6dyllist\u00e4.<\/p>\n<h3>Lajitietokeskus (laji.fi)<\/h3>\n<p>Aina kun neulaan hy\u00f6nteisen, se saa QR-koodin ja oman verkkosivunsa. Sielt\u00e4 l\u00f6ytyy kaikki tiedot milloin ja miss\u00e4 ker\u00e4ttiin!\u00a0 Esimerkkin\u00e4 <a href=\"http:\/\/mus.utu.fi\/ZMUT.4920\">http:\/\/mus.utu.fi\/ZMUT.4920<\/a><\/p>\n<p>Useimmat n\u00e4ist\u00e4 ovat <a href=\"https:\/\/laji.fi\/observation\/list?countryId=ML.228&amp;lifeStage=ADULT&amp;teamMemberId=322004&amp;individualCountMax=1\">neulottuja Ugandan hy\u00f6nteisi\u00e4<\/a>. Ker\u00e4\u00e4m\u00e4ni <a href=\"https:\/\/laji.fi\/en\/observation\/list?target=MX.37602&amp;countryId=ML.228&amp;teamMemberId=322004&amp;includeSubTaxa=false\">ugandalaiset malaisen\u00e4ytteet<\/a> (noin 2dl hy\u00f6nteisi\u00e4 kussakin) l\u00f6ytyv\u00e4t my\u00f6s.<\/p>\n<p>Muitakin kuin ugandalaisia n\u00e4ytteit\u00e4 l\u00f6ytyy, kuten <a href=\"https:\/\/www.google.com\/maps\/place\/Vals%C3%B6rarna\/@63.4257491,19.9511784,8z\/data=!4m5!3m4!1s0x467d0c6af147a461:0x6e796d70f0d720c7!8m2!3d63.4211756!4d21.0682675\">Valassaarilla<\/a> 2021 <a href=\"https:\/\/laji.fi\/observation\/list?area=Vals%C3%B6rarna&amp;teamMemberId=322004\">ker\u00e4\u00e4m\u00e4ni hy\u00f6nteiset<\/a>.<\/p>\n<p>Kaikki ker\u00e4\u00e4m\u00e4ni n\u00e4ytteet (jotka l\u00f6ytyv\u00e4t tietokannoista) p\u00e4ivittyv\u00e4t <a href=\"https:\/\/bionomia.net\/0000-0002-2256-0098\">Bionomia<\/a>an. N\u00e4ist\u00e4 voi ladata yhteenvetotaulukon <a href=\"https:\/\/doi.org\/10.5281\/zenodo.6764739\">Zenodo<\/a>sta.<\/p>\n<p>Huomaathan, ett\u00e4 lajitietokeskuksessa n\u00e4kyy vain pieni murto-osa ker\u00e4\u00e4mist\u00e4ni hy\u00f6nteisist\u00e4; ne, jotka olen ehtinyt k\u00e4sitell\u00e4 ja tallentaa tietokantaan.<\/p>\n<p>Jos haluat tiedot itsellesi:<\/p>\n<ol>\n<li>Lataa ne <a href=\"https:\/\/laji.fi\">laji.fi<\/a>st\u00e4, tai<\/li>\n<li>Tarkista <a href=\"https:\/\/laji.fi\">laji.fi<\/a>st\u00e4 (tai <a href=\"https:\/\/bionomia.net\/0000-0002-2256-0098\">Bionomia<\/a>sta \/ <a href=\"https:\/\/doi.org\/10.5281\/zenodo.6764739\">Zenodo<\/a>sta) mit\u00e4 tietoja haluat, ja pyyd\u00e4 minua l\u00e4hett\u00e4m\u00e4\u00e4n ne.<\/li>\n<\/ol>\n<p>Suosittelen j\u00e4lkimm\u00e4ist\u00e4, koska minun on helppo l\u00e4hett\u00e4\u00e4 tiedot k\u00e4ytt\u00f6valmiina Excel- tai csv-tiedostona. Laji.fi:n lataukset eiv\u00e4t toistaiseksi ole kovin k\u00e4ytt\u00e4j\u00e4yst\u00e4v\u00e4llisi\u00e4.<\/p>\n<h3>Zenodo<\/h3>\n<p>Kun julkaisen artikkelin, lataan sen aineiston <a href=\"https:\/\/zenodo.org\/\">Zenodo<\/a>on. Lataan my\u00f6s mahdollisen koodin, jolla tein tilastolliset analyysit ja piirsin kuvat.<\/p>\n<p>Useimmat tietoaineistot koskevat <a href=\"https:\/\/zenodo.org\/communities\/uganda2014-2015\/?page=1&amp;size=20\">Ugandan pisti\u00e4isi\u00e4<\/a>. Lataamalla ne voit toistaa mink\u00e4 tahansa artikkelini.<\/p>\n<p>Suosittelen erityisesti <a href=\"https:\/\/doi.org\/10.5281\/zenodo.2225642\">Ugandan<\/a> ja <a href=\"https:\/\/doi.org\/10.5281\/zenodo.3559053\">Perun<\/a> pitk\u00e4aikaisten pyydystystemme tausta-aineistoja. Mit\u00e4 n\u00e4ytteit\u00e4 ker\u00e4simme ja milloin? Miss\u00e4 s\u00e4\u00e4ss\u00e4? Kuinka monta lahoa puuta l\u00f6ytyi pyydysten l\u00e4helt\u00e4? Lataa aineistot ja saat tiet\u00e4\u00e4! Sielt\u00e4 l\u00f6ytyy jopa Ugandassa kulkemani GPS-reitit ja tutkimusp\u00e4iv\u00e4kirjani.<\/p>\n<p>Jotkut vanhemmat aineistoni l\u00f6ytyv\u00e4t <a href=\"https:\/\/doi.org\/10.6084\/m9.figshare.3172780.v1\">figshare<\/a>ist\u00e4 Zenodon sijaan.<\/p>\n<h3>Muut aineistot<\/h3>\n<p><a href=\"http:\/\/urn.fi\/URN:NBN:fi-fe2017121155661\">Graduni<\/a> aineisto ei (viel\u00e4) sijaitse pysyv\u00e4ss\u00e4 tietokannassa. Voit ladata aineiston <a href=\"https:\/\/seafile.utu.fi\/f\/70a2f16bfa11466e98d4\/?raw=1\">t\u00e4\u00e4lt\u00e4<\/a>. <a href=\"https:\/\/seafile.utu.fi\/f\/311a9902962246bc87aa\/?raw=1\">Raaka-aineisto<\/a>sta l\u00f6ytyy my\u00f6s kentt\u00e4muistiinpanot. Lukukelpoisuuden kanssa on v\u00e4h\u00e4n niin ja n\u00e4in.. olen sittemmin oppinut paremmaksi aineiston hallinnoijaksi (ja my\u00f6s selke\u00e4mm\u00e4n k\u00e4sialan).<\/p>\n<p>Valassaarilta l\u00f6ytyy my\u00f6s merkitt\u00e4v\u00e4 aineisto. Kokonaisen kes\u00e4n verran videota ohilent\u00e4vist\u00e4 hy\u00f6nteisist\u00e4, nelj\u00e4n hy\u00f6nteiskameraprototyypin kuvaamana. K\u00e4ytt\u00f6kelpoinen esimerkiksi selvitt\u00e4m\u00e4\u00e4n mihin vuorokauden &#8211; ja vuodenaikaan eri hy\u00f6nteiset lent\u00e4v\u00e4t. Valitettavasti 2 TB videota ei oikein mahdu minnek\u00e4\u00e4n verkossa sijaitsevaan tietokantaan..<\/p>\n<p>T\u00e4ss\u00e4 n\u00e4yte. Ota yhteytt\u00e4 jos haluat tutkia n\u00e4it\u00e4, keksimme kyll\u00e4 miten saat videot! Julkaisen t\u00e4st\u00e4 artikkelin piakkoin, mutta se keskittyy enimm\u00e4kseen menetelm\u00e4n kuvaamiseen.<\/p>\n<div class=\"ast-oembed-container \" style=\"height: 100%;\"><iframe loading=\"lazy\" title=\"Vals\u00f6rarna insektkamera (1\/2)(3 2021-07-30 17:16:37 UTC+00)\" width=\"500\" height=\"375\" src=\"https:\/\/www.youtube.com\/embed\/U7pv8ZyFk0U?start=514&#038;feature=oembed\" frameborder=\"0\" allow=\"accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture; web-share\" referrerpolicy=\"strict-origin-when-cross-origin\" allowfullscreen><\/iframe><\/div>\n<h3>GitHub<\/h3>\n<p>Tallennan artikkeleissa k\u00e4ytt\u00e4m\u00e4ni koodit Zenodoon. On kuitenkin lukuisia muita t\u00f6it\u00e4, jotka j\u00e4t\u00e4n mieluummin tietokoneen teht\u00e4v\u00e4ksi kuin yrit\u00e4n k\u00e4sity\u00f6n\u00e4.<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/github.com\/tapani-hopkins\/\">GitHubista<\/a> l\u00f6ytyy sekalainen valikoima koodia, jolla voi k\u00e4sitell\u00e4 lajitietokeskuksen tietoja, tuottaa automaattisesti m\u00e4\u00e4rityskaavan ym. K\u00e4ytt\u00f6kelpoisuus tosin vaihtelee..<\/p>\n<p>K\u00e4ytt\u00f6kelpoisin koodi tulee tarjoamaan helpon tavan k\u00e4ytt\u00e4\u00e4 pitk\u00e4kestoisten Ugandan ja Perun Amazonin pyydystystemme aineistoja. Sy\u00f6t\u00e4 jonkin alaheimon tiedot, ja tietokone siistii tiedot, piirt\u00e4\u00e4 kuvat siit\u00e4 montako pisti\u00e4ist\u00e4 lensi kunakin p\u00e4iv\u00e4n\u00e4 ja kussakin mets\u00e4tyypiss\u00e4.. oikeastaan tekee kaiken jota tarvitaan tuottamaan <a href=\"https:\/\/doi.org\/10.1098\/rsos.190913\">https:\/\/doi.org\/10.1098\/rsos.190913<\/a> vastaavan artikkelin. Koodi ilmestyy heti kun olen tehnyt siit\u00e4 riitt\u00e4v\u00e4n k\u00e4ytt\u00e4j\u00e4yst\u00e4v\u00e4llisen.<\/p>\n<p>Koodit ovat R:\u00e4\u00e4 tai Python:i\u00e4. Ohjelmoinnin asiantuntijoille varoituksena: olen enimm\u00e4kseen <a href=\"https:\/\/xkcd.com\/1513\/\">opetellut koodaamaan itse<\/a>. T\u00e4m\u00e4n kyll\u00e4 huomaa kun katsoo varhaisinta koodiani!<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Viet\u00e4n vuosia ker\u00e4ten aineistoja, joten n\u00e4en mielell\u00e4\u00e4n ett\u00e4 ne tulevat k\u00e4ytt\u00f6\u00f6n. T\u00e4ss\u00e4 yhteenveto tietokonemuodossa olevista tutkimusaineistoistani, ja siit\u00e4 miten ne saa k\u00e4siins\u00e4. Fyysisist\u00e4 aineistosta, kuten Ugandan hy\u00f6nteisist\u00e4, enemm\u00e4n omalla sivullaan. Suuri osa aineistosta liittyy Ugandan hy\u00f6nteisiin. Mukana my\u00f6s jonkin verran R- ja Python-koodia. Enimm\u00e4kseen niist\u00e4 ei liene hy\u00f6ty\u00e4 muille, mutta Suomen Lajitietokeskuksen k\u00e4ytt\u00e4jille saattaa l\u00f6yty\u00e4 [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":6396,"featured_media":0,"parent":639,"menu_order":3,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"site-sidebar-layout":"default","site-content-layout":"default","ast-site-content-layout":"default","site-content-style":"default","site-sidebar-style":"default","ast-global-header-display":"","ast-banner-title-visibility":"","ast-main-header-display":"","ast-hfb-above-header-display":"","ast-hfb-below-header-display":"","ast-hfb-mobile-header-display":"","site-post-title":"","ast-breadcrumbs-content":"","ast-featured-img":"","footer-sml-layout":"","ast-disable-related-posts":"","theme-transparent-header-meta":"default","adv-header-id-meta":"","stick-header-meta":"","header-above-stick-meta":"","header-main-stick-meta":"","header-below-stick-meta":"","astra-migrate-meta-layouts":"default","ast-page-background-enabled":"default","ast-page-background-meta":{"desktop":{"background-color":"var(--ast-global-color-4)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""},"tablet":{"background-color":"","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""},"mobile":{"background-color":"","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""}},"ast-content-background-meta":{"desktop":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""},"tablet":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""},"mobile":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""}},"footnotes":""},"class_list":["post-810","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/users.utu.fi\/taesho\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/810","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/users.utu.fi\/taesho\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/users.utu.fi\/taesho\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/users.utu.fi\/taesho\/wp-json\/wp\/v2\/users\/6396"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/users.utu.fi\/taesho\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=810"}],"version-history":[{"count":5,"href":"https:\/\/users.utu.fi\/taesho\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/810\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1612,"href":"https:\/\/users.utu.fi\/taesho\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/810\/revisions\/1612"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/users.utu.fi\/taesho\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/639"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/users.utu.fi\/taesho\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=810"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}